മക്കാ മസ്ജിദ് സ്ഫോടനക്കേസിൽ ഉൾപ്പെട്ട എല്ലാ പ്രതികളെയും ഹൈദരാബാദിലെ പ്രത്യക എൻഐഎ കോടതി വെറുതെ വിട്ടു. പ്രതികള്‍ക്കെതിരായ കുറ്റം സ്ഥാപിക്കുന്നതിൽ അന്വേഷണ ഏജൻസി പരാജയപ്പെട്ടതും തെളിവുകളുടെ അഭാവവും ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയാണ് പ്രതികളെ വെറുതെ വിട്ടത്.
അഭിനവ് ഭാരത് എന്ന ഹിന്ദുത്വ വർഗീയ സംഘടനയിലെ അംഗങ്ങളാണ് പ്രതികളായ പത്തു പേരും. സ്വാമി അസീമാനന്ദ് എന്ന നിബകമാർ സിർക്കാർ, ദേവേന്ദർ ഗുപ്ത, ലോകേശ് ശര്‍മ എന്ന അജയ് തിവാരി, ലക്ഷ്മൺ ദാസ് മഹാരാജ്, മോഹന്‍ലാൽ രതേശ്വർ, രാജേന്ദർ ചൗധരി തുടങ്ങിയവരടക്കമുള്ള പത്തുപേരാണ് കേസിൽ കുറ്റം ചാർത്തപ്പെട്ടിരുന്നത്. രാമചന്ദ്ര കൽസാംഗ്ര, സന്ദീപ് ദാംഗെ എന്നീ രണ്ട് പ്രതികൾ ഒളിവിലാണ്. അന്വേഷണം നടക്കുന്ന കാലയളവിൽ പ്രധാന പ്രതികളിലൊരാളും ആർഎസ്എസ് പ്രവർത്തകനുമായ സുനിൽ ജോഷി വെടിയേറ്റ് മരിച്ചിരുന്നു.
2007 മെയ് മാസം പതിനെട്ടാം തിയ്യതി വെള്ളിയാഴ്ച പ്രാർത്ഥനക്കിടെയാണ് എട്ട് പേരുടെ മരണത്തിനിടയാക്കിയ പൈപ്പ് ബോംബ് സ്ഫോടനം ഹൈദരാബാദിലെ മക്കാ മസ്ജിദിൽ നടന്നത്. ഇതെത്തുടർന്നുണ്ടായ കലാപം നിയന്ത്രിക്കാൻ പൊലീസ് നടത്തിയ വെടിവെപ്പിൽ അഞ്ചുപേരും കൊല്ലപ്പെട്ടു.
ലോക്കൽ പൊലീസിന്റെ പ്രാഥമികാന്വേഷണത്തിനു ശേഷം കേസ് സിബിഐക്ക് വിട്ടു. സിബിഐ ചാർജ്ഷീറ്റ് ഫയൽ ചെയ്ത കേസ് 2011 ഏപ്രിലിൽ ദേശീയാന്വേഷണ ഏജൻസി ഏറ്റെടുക്കുകയായിരുന്നു. 26 ദൃക്സാക്ഷികളുള്ള കേസിൽ 411 പ്രമാണങ്ങൾ കോടതിയിൽ ഹാജരാക്കപ്പെട്ടു.