വര്ഗീയ കലാപത്തില് മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന നരേന്ദ്രല മോദിക്ക് യാതെരു പങ്കുമില്ലെന്നും കലാപത്തെ യാതൊരു തരത്തിലും മോദി സഹായിച്ചിട്ടില്ലെന്നുമായിരുന്നു ആര്കെ രാഘവന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള എസ് ഐ ടി യുടെ കണ്ടത്തെല്.
2002ലെ ഗുജറാത്ത് വര്ഗീയ കലാപത്തില് അന്ന് മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന നരേന്ദ്ര മോദിക്ക് ക്ലീന് ചീറ്റ് നല്കിയ പ്രത്യേക അന്വേഷണ സംഘത്തിന്റെ (എസ് ഐ ടി) നടപടി ചോദ്യം ചെയ്തുള്ള ഹര്ജി നവംബര് 19ന് പരിഗണിക്കാമെന്ന് സുപ്രീം കോടതി. കലാപത്തില് കൊല്ലപ്പെട്ട മുന് കോണ്ഗ്രസ് എംപി എഹ്സാന് ജാഫ്രിയുടെ ഭാര്യ സാകിയ ജാഫ്രിയാണ് ഹര്ജിയുമായി സുപ്രീം കോടതിയെ സമീപിച്ചത്. വര്ഗീയ കലാപത്തില് മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന നരേന്ദ്രല മോദിക്ക് യാതെരു പങ്കുമില്ലെന്നും കലാപത്തെ യാതൊരു തരത്തിലും മോദി സഹായിച്ചിട്ടില്ലെന്നുമായിരുന്നു ആര്കെ രാഘവന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള എസ് ഐ ടി യുടെ കണ്ടത്തെല്.
2002 ഫെബ്രുവരി 28ന് അഹമ്മദാബാദിലെ ഗുല്ബര്ഗ് സൊസൈറ്റിയില് വച്ചാണ് കലാപകാരികള് ജാഫ്രി അടക്കം 35 പേരെ കൊലപ്പെടുത്തിയത്. ജാഫ്രിയെ മാരകമായി വെട്ടിപ്പരിക്കേല്പ്പിച്ച ശേഷം പെട്രോഴിച്ച് ചുട്ടുകൊല്ലുകയായിരുന്നു. കലാപകാരികള് ഗുല്ബര്ഗ് സൊസൈറ്റി ആക്രമിക്കാനെത്തുന്നതിറഞ്ഞ് മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന നരേന്ദ്ര മോദിയെ, എഹ്സാന് ജാഫ്രി ഫോണില് വിളിച്ചു എന്നും എന്നാല് മോദി എഹ്സാനോട് പരുഷമായി സംസാരിച്ചതിന് ശേഷം ഫോണ് വയ്ക്കുകയായിരുന്നു എന്നും അധികൃതരില് നിന്നും ഒരു സഹായവും കിട്ടിയില്ലെന്നും സാകിയ ആരോപിക്കുന്നു. ഹിന്ദുക്കള്ക്ക് അവരുടെ വികാരം പ്രകടിപ്പിക്കാനുള്ള അവസരം നല്കണം എന്ന് മോദി ഉന്നത തല യോഗത്തില് പറഞ്ഞിരുന്നു എന്നാണ് സഞ്ജീവ് ഭട്ട് അടക്കമുള്ള അന്നത്തെ ഉന്നത ഐപിഎസ് ഉദ്യോഗസ്ഥര് വെളിപ്പെടുത്തിയത്. മോദിക്ക് ക്ലീന് ചിറ്റ് നല്കിയ എസ് ഐ ടി തലവന് ആര്കെ രാഘവനെ, മോദി പ്രധാനമന്ത്രി ആയതിന് ശേഷം സൈപ്രസില് ഇന്ത്യന് ഹൈകമ്മീഷണറായി നിയമിച്ചിരുന്നു.